Práctica de PRO2 - Primavera 2020 - Entrega final provisional (no uséis la prórroga si no estáis seguros de mejorar la entrega original) X69428


Statement
 

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Este problema permite hacer entregas de prueba de la práctica completa. Tened en cuenta que:

  • no es el canal para hacer la entrega definitiva de la práctica
  • el problema del Jutge de la entrega definitiva puede contener elementos o condiciones diferentes de los que aparecen en este problema
  • las entregas realizadas en este problema no serán tenidas en cuenta para la nota de la práctica
  • en esta entrega no pedimos carpetas generadas mediante doxygen, pero los ficheros de la clases pueden llevar todos los comentarios doxygen que queráis; de hecho recomendamos que incluyáis las especificaciones de todas las operaciones y que sean lo más definitivas posible

Observación

El Jutge prueba vuestras entregas mediante 4 juegos de pruebas:

  • sample: el juego de pruebas público
  • privat1: combinación de los juegos de pruebas de la entrega intermedia con una situación nueva de eficiencia (gestión de las distancias)
  • privat2: un poco de todo sobre clusters
  • privat3: eficiencia de clusters

En un fichero llamado practica.tar tenéis que entregar

  • Los ficheros .hh y .cc de las clases y el programa principal
  • El fichero Makefile, que usaremos para generar y probar el ejecutable

Tened en cuenta las siguientes restricciones:

  • El fichero que contiene el programa principal se ha de llamar program.cc
  • El Makefile ha de generar un ejecutable llamado program.exe
  • Es importante que uséis las opciones de compilación del Jutge de PRO2 (ved Documentation → Compilers → PRO2 a www.jutge.org)
  • No usar la opción -D_GLIBCXX_DEBUG o usarla de forma incorrecta podrá ser penalizado

Producid el fichero practica.tar con la instrucción Linux 

tar -cvf practica.tar fitxer1 fitxer2 fitxer3 ...

desde el directorio/carpeta donde tengáis los ficheros que vais a entregar. Incluid esta instrucción en vuestro Makefile, de forma que el .tar se pueda generar ejecutando make practica.tar. Con eso reduciréis el riesgo de error en sucesivas entregas. El Jutge no acepta .tar donde los ficheros estén dentro de carpetas. Recomendamos usar GNU tar para reducir el riesgo de que el fichero practica.tar sea incompatible con el Jutge. No es necesario incluir BinTree.hh en practica.tar.

Public test cases

  • Input

    3
lee_cjt_especies
5
d    GCTCCTGTCCGTTTCAGCCG
e    TACACCATTAACCGGTGGGG
a    AAAAGATGACCAGCGTAATG
b    GCAACCTTTGTGGGCGCAGT
c    ACGATTTGCGTAAGCTATGT

imprime_cjt_especies
tabla_distancias

imprime_arbol_filogenetico

crea_especie f    GAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
crea_especie g    AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

imprime_cjt_especies
tabla_distancias

imprime_arbol_filogenetico

elimina_especie nuevo1
crea_especie nuevo1 TTTAAACCCGGG

inicializa_clusters

elimina_especie a

imprime_cjt_especies
tabla_distancias

ejecuta_paso_wpgma

imprime_cluster c

ejecuta_paso_wpgma

imprime_cluster ac

imprime_cluster eg

imprime_cluster enuevo1

ejecuta_paso_wpgma

ejecuta_paso_wpgma

imprime_cluster ac

crea_especie nuevo2 AATCTGGCTCTGAATAAGACCCAGTATCAAGCCTTACCA

ejecuta_paso_wpgma

ejecuta_paso_wpgma

imprime_cluster ac

inicializa_clusters

crea_especie nuevo2 AAA

imprime_arbol_filogenetico


lee_cjt_especies

0

imprime_cjt_especies

tabla_distancias

imprime_arbol_filogenetico

ejecuta_paso_wpgma

crea_especie pangolin AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

imprime_cjt_especies

tabla_distancias

obtener_gen pangolin

imprime_arbol_filogenetico

ejecuta_paso_wpgma

fin

    Output

    # lee_cjt_especies

# imprime_cjt_especies
a AAAAGATGACCAGCGTAATG
b GCAACCTTTGTGGGCGCAGT
c ACGATTTGCGTAAGCTATGT
d GCTCCTGTCCGTTTCAGCCG
e TACACCATTAACCGGTGGGG

# tabla_distancias
a: b (90.9091) c (71.4286) d (90.9091) e (90.9091)
b: c (87.5) d (87.5) e (83.871)
c: d (83.871) e (94.1176)
d: e (97.1429)
e:

# imprime_arbol_filogenetico
[(acdbe, 45.7951) [(acd, 43.695) [(ac, 35.7143) [a][c]][d]][(be, 41.9355) [b][e]]]

# crea_especie f GAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

# crea_especie g AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

# imprime_cjt_especies
a AAAAGATGACCAGCGTAATG
b GCAACCTTTGTGGGCGCAGT
c ACGATTTGCGTAAGCTATGT
d GCTCCTGTCCGTTTCAGCCG
e TACACCATTAACCGGTGGGG
f GAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
g AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

# tabla_distancias
a: b (90.9091) c (71.4286) d (90.9091) e (90.9091) f (94.4444) g (94.4444)
b: c (87.5) d (87.5) e (83.871) f (100) g (100)
c: d (83.871) e (94.1176) f (100) g (100)
d: e (97.1429) f (100) g (100)
e: f (100) g (100)
f: g (9.52381)
g:

# imprime_arbol_filogenetico
[(acdbefg, 49.6528) [(acdbe, 45.7951) [(acd, 43.695) [(ac, 35.7143) [a][c]][d]][(be, 41.9355) [b][e]]][(fg, 4.7619) [f][g]]]

# elimina_especie nuevo1
ERROR: La especie nuevo1 no existe.

# crea_especie nuevo1 TTTAAACCCGGG

# inicializa_clusters
a: b (90.9091) c (71.4286) d (90.9091) e (90.9091) f (94.4444) g (94.4444) nuevo1 (88)
b: c (87.5) d (87.5) e (83.871) f (100) g (100) nuevo1 (83.3333)
c: d (83.871) e (94.1176) f (100) g (100) nuevo1 (92.3077)
d: e (97.1429) f (100) g (100) nuevo1 (92.3077)
e: f (100) g (100) nuevo1 (66.6667)
f: g (9.52381) nuevo1 (96.5517)
g: nuevo1 (96.5517)
nuevo1:

# elimina_especie a

# imprime_cjt_especies
b GCAACCTTTGTGGGCGCAGT
c ACGATTTGCGTAAGCTATGT
d GCTCCTGTCCGTTTCAGCCG
e TACACCATTAACCGGTGGGG
f GAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
g AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
nuevo1 TTTAAACCCGGG

# tabla_distancias
b: c (87.5) d (87.5) e (83.871) f (100) g (100) nuevo1 (83.3333)
c: d (83.871) e (94.1176) f (100) g (100) nuevo1 (92.3077)
d: e (97.1429) f (100) g (100) nuevo1 (92.3077)
e: f (100) g (100) nuevo1 (66.6667)
f: g (9.52381) nuevo1 (96.5517)
g: nuevo1 (96.5517)
nuevo1:

# ejecuta_paso_wpgma
a: b (90.9091) c (71.4286) d (90.9091) e (90.9091) fg (94.4444) nuevo1 (88)
b: c (87.5) d (87.5) e (83.871) fg (100) nuevo1 (83.3333)
c: d (83.871) e (94.1176) fg (100) nuevo1 (92.3077)
d: e (97.1429) fg (100) nuevo1 (92.3077)
e: fg (100) nuevo1 (66.6667)
fg: nuevo1 (96.5517)
nuevo1:

# imprime_cluster c
[c]

# ejecuta_paso_wpgma
a: b (90.9091) c (71.4286) d (90.9091) enuevo1 (89.4545) fg (94.4444)
b: c (87.5) d (87.5) enuevo1 (83.6022) fg (100)
c: d (83.871) enuevo1 (93.2127) fg (100)
d: enuevo1 (94.7253) fg (100)
enuevo1: fg (98.2759)
fg:

# imprime_cluster ac
ERROR: El cluster ac no existe.

# imprime_cluster eg
ERROR: El cluster eg no existe.

# imprime_cluster enuevo1
[(enuevo1, 33.3333) [e][nuevo1]]

# ejecuta_paso_wpgma
ac: b (89.2045) d (87.39) enuevo1 (91.3336) fg (97.2222)
b: d (87.5) enuevo1 (83.6022) fg (100)
d: enuevo1 (94.7253) fg (100)
enuevo1: fg (98.2759)
fg:

# ejecuta_paso_wpgma
ac: benuevo1 (90.2691) d (87.39) fg (97.2222)
benuevo1: d (91.1126) fg (99.1379)
d: fg (100)
fg:

# imprime_cluster ac
[(ac, 35.7143) [a][c]]

# crea_especie nuevo2 AATCTGGCTCTGAATAAGACCCAGTATCAAGCCTTACCA

# ejecuta_paso_wpgma
acd: benuevo1 (90.6909) fg (98.6111)
benuevo1: fg (99.1379)
fg:

# ejecuta_paso_wpgma
acdbenuevo1: fg (98.8745)
fg:

# imprime_cluster ac
ERROR: El cluster ac no existe.

# inicializa_clusters
b: c (87.5) d (87.5) e (83.871) f (100) g (100) nuevo1 (83.3333) nuevo2 (82.9787)
c: d (83.871) e (94.1176) f (100) g (100) nuevo1 (92.3077) nuevo2 (87.7551)
d: e (97.1429) f (100) g (100) nuevo1 (92.3077) nuevo2 (82.9787)
e: f (100) g (100) nuevo1 (66.6667) nuevo2 (85.4167)
f: g (9.52381) nuevo1 (96.5517) nuevo2 (98.2143)
g: nuevo1 (96.5517) nuevo2 (100)
nuevo1: nuevo2 (90.6977)
nuevo2:

# crea_especie nuevo2 AAA
ERROR: La especie nuevo2 ya existe.

# imprime_arbol_filogenetico
[(bnuevo2enuevo1cdfg, 49.7287) [(bnuevo2enuevo1cd, 45.1006) [(bnuevo2enuevo1, 42.9148) [(bnuevo2, 41.4894) [b][nuevo2]][(enuevo1, 33.3333) [e][nuevo1]]][(cd, 41.9355) [c][d]]][(fg, 4.7619) [f][g]]]

# lee_cjt_especies

# imprime_cjt_especies

# tabla_distancias

# imprime_arbol_filogenetico
ERROR: El conjunto de clusters es vacio.

# ejecuta_paso_wpgma
ERROR: num_clusters <= 1

# crea_especie pangolin AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

# imprime_cjt_especies
pangolin AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

# tabla_distancias
pangolin:

# obtener_gen pangolin
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

# imprime_arbol_filogenetico
[pangolin]

# ejecuta_paso_wpgma
ERROR: num_clusters <= 1
    • Information
    Author
    PRO2
    Language
    Spanish
    Official solutions
    Make
    User solutions
    Make