Predictor de patologies P90639


Statement
 

pdf   zip

Donat un alineament múltiple de seqüències de proteïnes, esbrineu si la mutació de l’amino àcid xx a l’amino àcid yy a la posició pp és patològica. Per fer-ho, compteu quants cops apareixen tant xx com yy a la posició pp de l’alineament. Siguin nxn_x i nyn_y aquestes quantitats. Si 2nynx2n_y \ge n_x, considerarem que la mutació és neutral; altrament, la catalogarem com a patològica.

Breu explicació biològica

En l’alineament múltiple, trobem proteïnes similars–humanes o d’altres espècies–alineades, contraposant a cada aminoàcid l’aminoàcid equivalent en les altres proteïnes. Donada una mutació xyx \rightarrow y a la posició pp, podem suposar que si l’aminoàcid yy apareix en la posició pp en poques seqüències de l’alineament, això vol dir que aquest aminoàcid no podrà realitzar la mateixa funció que l’original en aquesta posició. En canvi, si l’aminoàcid yy apareix almenys la meitat de vegades que xx, entenem que sí que és capaç de complir la mateixa funció, i que per tant la mutació és neutral.

Entrada

L’entrada comença amb nn, el nombre de línies de l’alineament. Segueixen les nn línies, totes de la mateixa amplada aa, només amb aminoàcids i guions. La primera d’aquestes línies es correspon a la proteïna original, i no té guions. Després ve mm, el nombre de mutacions a estudiar, seguit de 2m2m línies. Cada dues línies descriuen una consulta, amb la posició pp (començant en 1), i l’amino àcid mutat yy. Implícitament, l’amino àcid xx és el que es troba a la posició pp de la proteïna original.

Suposeu 2n10002 \le n \le 1000, 1a10001 \le a \le 1000, 1m10001 \le m \le 1000, 1pa1 \le p \le a, i que xx i yy són dos aminoàcids diferents. Cada aminoàcid es codifica amb una lletra majúscula escollida entre “ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY”.

Sortida

Escriviu mm línies, una per consulta, amb “neutral” o “patologica” (sense accent), segons convingui.

Public test cases
  • Input

    7
    MMALNRLS
    M-CLNRLR
    MMDLRRLR
    AMEL-RLR
    A-FLNRLR
    AMGLRRAR
    MMPLNRAR
    5
    1
    A
    8
    R
    5
    R
    2
    L
    7
    A
    

    Output

    neutral
    neutral
    neutral
    patologica
    patologica
    
  • Information
    Author
    Víctor López
    Language
    Catalan
    Official solutions
    C++ Python
    User solutions
    C++ Python