Donat un alineament múltiple de seqüències de proteïnes, esbrineu si la mutació de l’amino àcid a l’amino àcid a la posició és patològica. Per fer-ho, compteu quants cops apareixen tant com a la posició de l’alineament. Siguin i aquestes quantitats. Si , considerarem que la mutació és neutral; altrament, la catalogarem com a patològica.
En l’alineament múltiple, trobem proteïnes similars–humanes o d’altres espècies–alineades, contraposant a cada aminoàcid l’aminoàcid equivalent en les altres proteïnes. Donada una mutació a la posició , podem suposar que si l’aminoàcid apareix en la posició en poques seqüències de l’alineament, això vol dir que aquest aminoàcid no podrà realitzar la mateixa funció que l’original en aquesta posició. En canvi, si l’aminoàcid apareix almenys la meitat de vegades que , entenem que sí que és capaç de complir la mateixa funció, i que per tant la mutació és neutral.
L’entrada comença amb , el nombre de línies de l’alineament. Segueixen les línies, totes de la mateixa amplada , només amb aminoàcids i guions. La primera d’aquestes línies es correspon a la proteïna original, i no té guions. Després ve , el nombre de mutacions a estudiar, seguit de línies. Cada dues línies descriuen una consulta, amb la posició (començant en 1), i l’amino àcid mutat . Implícitament, l’amino àcid és el que es troba a la posició de la proteïna original.
Suposeu
,
,
,
,
i que
i
són dos aminoàcids diferents. Cada aminoàcid es codifica amb una lletra
majúscula escollida entre “ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY”.
Escriviu
línies, una per consulta, amb “neutral” o
“patologica” (sense accent), segons convingui.
Input
7 MMALNRLS M-CLNRLR MMDLRRLR AMEL-RLR A-FLNRLR AMGLRRAR MMPLNRAR 5 1 A 8 R 5 R 2 L 7 A
Output
neutral neutral neutral patologica patologica